Protein Pow(d)er

Een versailles-patroon.

Inleiding

Inleiding: Eiwitten zijn kleine structuren die vrijwel alle processen in het menselijk lichaam uitvoeren en reguleren. Deze eiwitten moeten een specifieke structuur hebben om deze taken goed uit te voeren. Deze vouwing wordt bewerkstelligd door eigenschappen van de aminozuren: sommigen zijn in staat sterke bindingen met elkaar te vormen, terwijl anderen met niets interacteren (tabel S2). Als een eiwit verkeerd gevouwen wordt kunnen bepaalde cellulaire processen niet meer gedaan worden. Dit is de basis voor veel ziekten, zoals kanker, Alzheimers en taaislijmziekte. De voorspelling van hoe eiwitten zich vouwen is belangrijk voor biologisch onderzoek en het maken van nieuwe medicijnen tegen deze ziekten.

a) Schrijf een algoritme dat eiwitten 1, 2, 3, 4 en 5 kan vouwen naar een stabiele conformatie in 2 dimensies (tabel S1)

Opdracht

a) Schrijf een algoritme dat eiwitten 1, 2, 3, 4 en 5 kan vouwen naar een stabiele conformatie in 2 dimensies (tabel S1)

b) Voeg een dimensie toe (3D) en probeer eiwitten 1, 2, 3, 4 en 5 nogmaals te vouwen naar de meest stabiele conformatie.

c) Verzin een algoritme om tegelset #3 in het bijgeleverde invoervak te zetten. Een zetting is correct als er geen tussenruimte tussen de tegels is, en tegels elkaar niet overlappen.

Tegelset #1	Tegelset #2	Tegelset #3

Advanced

d) Genereer zelf random eiwitten, en probeer te bepalen welke eigenschappen ervoor zorgen dat een eiwit moeilijk te vouwen is.

Links

Best leuk om even te kijken naar perfect squares op WolframMathWorld.

Terug

Terug naar de Heuristieken hoofdpagina.