Fruitvliegen - Revision history

MeesterDaan at 21:38, 16 October 2018

2018-10-16T21:38:03Z

MeesterDaan at 21:36, 16 October 2018

2018-10-16T21:36:29Z

MeesterDaan at 00:52, 6 March 2017

2017-03-06T00:52:57Z

MeesterDaan at 00:10, 6 March 2017

2017-03-06T00:10:13Z

MeesterDaan at 00:06, 6 March 2017

2017-03-06T00:06:37Z

MeesterDaan at 09:42, 20 October 2015

2015-10-20T09:42:27Z

MeesterDaan at 09:41, 20 October 2015

2015-10-20T09:41:16Z

MeesterDaan: /* Opdracht */

2015-10-20T09:35:52Z

‎Opdracht

MeesterDaan at 20:46, 19 October 2015

2015-10-19T20:46:51Z

MeesterDaan at 20:43, 19 October 2015

2015-10-19T20:43:38Z

← Older revision		Revision as of 21:38, 16 October 2018
Line 29:		Line 29:


−	d) Een alternatieve formule geeft ½n<sup>2</sup> mutatiepunten voor mutaties van lengte n. Grote mutaties worden zo dus "nog" onwaarschijnlijker. Zoek wederom naar een mutatiesequentie die het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert in zo min mogelijk mutatiepunten.	+	d) Een alternatieve formule geeft ½n<sup>1.3</sup> mutatiepunten voor mutaties van lengte n. Grote mutaties worden zo dus "nog" onwaarschijnlijker. Zoek wederom naar een mutatiesequentie die het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert in zo min mogelijk mutatiepunten.

@@ Line 12: / Line 12: @@
-[[Image:tweegenomen.gif|thumb|border|right|middle|upright=2||| Fig.1: Genomen van D.Melanogaster (boven) en D.Miranda (onder). Beide genomen bestaan uit dezelfe genen, alleen de volgorde verschilt.]]
+[[Image:tweegenomen.gif|thumb|border|right|middle|upright=1.5||| Fig.1: Genomen van D.Melanogaster (boven) en D.Miranda (onder). Beide genomen bestaan uit dezelfe genen, alleen de volgorde verschilt.]]
-[[Image:mutatie.gif|thumb|border|right|middle|upright=2||| Fig.2: Mutatie zoals die plaats vindt binnen de soort Drosophila. Een gedeelte van het genoom keert ineens om.]]
+[[Image:mutatie.gif|thumb|border|right|middle|upright=1.5||| Fig.2: Mutatie zoals die plaats vindt binnen de soort Drosophila. Een gedeelte van het genoom keert ineens om.]]
@@ Line 29: / Line 29: @@
-d) Een alternatieve scoreformule geeft ½n<sup>2</sup> mutatiepunten voor mutaties van lengte n. Grote mutaties worden zo dus "nog" onwaarschijnlijker. Zoek wederom naar een mutatiesequentie die het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert in zo min mogelijk mutatiepunten.
+d) Een alternatieve formule geeft ½n<sup>2</sup> mutatiepunten voor mutaties van lengte n. Grote mutaties worden zo dus "nog" onwaarschijnlijker. Zoek wederom naar een mutatiesequentie die het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert in zo min mogelijk mutatiepunten.

← Older revision		Revision as of 00:52, 6 March 2017
Line 1:		Line 1:
		+	[[Image:Fruitvliegen2.jpg\|thumb\|right]]
		+

−	~~[[Image:Fruitvliegen2.jpg\|thumb\|right]]~~

	==Inleiding==		==Inleiding==

← Older revision		Revision as of 00:10, 6 March 2017
Line 31:		Line 31:


−	e) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je ~~algoritme uit onderdeel c)~~ en probeer zicht te krijgen op het ~~minimaal en maximaal~~ aantal ~~verplaatsende genen~~ dat nodig is om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer wederom een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.	+	e) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritmes en probeer zicht te krijgen op het minimale aantal mutatiepunten dat nodig is om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer wederom een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.


Line 40:		Line 40:


−	g) Als er bij a) meerdere kortste paden gevonden zijn, willen we graag weten wat de overeenkomst daartussen is. Ingewikkeld!	+	g) Als er bij b) meerdere kortste paden gevonden zijn, willen we graag weten wat de overeenkomst daartussen is. Ingewikkeld!

@@ Line 6: / Line 6: @@
 Drosophila Melanogaster en Drosophila Miranda zijn fruitvliegsoorten waarvan het genoom goed bestudeerd is. Voor deze twee soorten geldt dat de genen  voor beide soorten identiek zijn, maar wel in een andere volgorde staan. Mutaties in de genenrij van de Drosophila vinden alleen plaats doordat subrijen ervan in hun geheel omkeren (fig.2 ). In deze opdracht is het zaak te achterhalen welke reeks van achtereenvolgende mutaties de ene fruitvliegensoort in de andere heeft doen veranderen. Misschien zijn er meerdere reeksen mogelijk; in dat geval willen we de meest plausibele reeks vinden: die met de kleinste mutaties en die met de minste mutaties.
 ==Opdracht==
@@ Line 14: / Line 15: @@
 [[Image:mutatie.gif|thumb|border|right|middle|upright=2||| Fig.2: Mutatie zoals die plaats vindt binnen de soort Drosophila. Een gedeelte van het genoom keert ineens om.]]
-a) Schrijf een algoritme dat het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert, met zo min mogelijk mutatiestappen.
-b) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel a) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal benodigde stappen om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.
+Er is een theorie, die stelt dat kleine mutaties waarschijnlijker zijn dan grote mutaties. Een manier omdat te modelleren is om mutatiepunten te geven aan mutaties. Het aantal punten is de lengte van het stuk dat omkeert.
-c) Schrijf een algoritme dat het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert, met zo min mogelijk verplaatste genen. Dat betekent dat de opgetelde grootte van de omkeer-mutaties zo klein mogelijk moet zijn.
+c) Schrijf een algoritme dat het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert, in zo min mogelijk mutatiepunten.
-d) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel c) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal verplaatsende genen dat nodig is om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer wederom een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.
+d) Een alternatieve scoreformule geeft ½n<sup>2</sup> mutatiepunten voor mutaties van lengte n. Grote mutaties worden zo dus "nog" onwaarschijnlijker. Zoek wederom naar een mutatiesequentie die het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert in zo min mogelijk mutatiepunten.
-e) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' mutatiestappen nodig hebben om gesorteerd te worden met a), en wat voor genomen ''weinig'' stappen.
+e) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel c) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal verplaatsende genen dat nodig is om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer wederom een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.
 ==Advanced==
-f) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' verplaatsingen nodig hebben met c) en wat voor ''weinig''.
+f) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' mutatiestappen nodig hebben om gesorteerd te worden met a), en wat voor genomen ''weinig'' stappen.

← Older revision		Revision as of 09:42, 20 October 2015
Line 5:		Line 5:


−	Drosophila Melanogaster en Drosophila Miranda zijn fruitvliegsoorten waarvan het genoom goed bestudeerd is. Voor deze twee soorten geldt dat de genen voor beide soorten identiek zijn, maar wel in een andere volgorde staan. Mutaties in de genenrij van de Drosophila vinden alleen plaats doordat subrijen ervan in hun geheel omkeren (fig.2 ). In deze opdracht is het zaak te achterhalen welke ~~sequentie~~ van mutaties de ene fruitvliegensoort in de andere heeft doen veranderen. Misschien zijn er meerdere reeksen mogelijk; in dat geval willen we de meest plausibele reeks vinden: die met de kleinste mutaties en die met de minste mutaties.	+	Drosophila Melanogaster en Drosophila Miranda zijn fruitvliegsoorten waarvan het genoom goed bestudeerd is. Voor deze twee soorten geldt dat de genen voor beide soorten identiek zijn, maar wel in een andere volgorde staan. Mutaties in de genenrij van de Drosophila vinden alleen plaats doordat subrijen ervan in hun geheel omkeren (fig.2 ). In deze opdracht is het zaak te achterhalen welke reeks van achtereenvolgende mutaties de ene fruitvliegensoort in de andere heeft doen veranderen. Misschien zijn er meerdere reeksen mogelijk; in dat geval willen we de meest plausibele reeks vinden: die met de kleinste mutaties en die met de minste mutaties.

	==Opdracht==		==Opdracht==

← Older revision		Revision as of 09:41, 20 October 2015
Line 17:		Line 17:


−	b) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel a) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal benodigde ~~mutatiestappen~~ om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.	+	b) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel a) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal benodigde stappen om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.

@@ Line 14: / Line 14: @@
 [[Image:mutatie.gif|thumb|border|right|middle|upright=2||| Fig.2: Mutatie zoals die plaats vindt binnen de soort Drosophila. Een gedeelte van het genoom keert ineens om.]]
-a) Schrijf een algoritme dat het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert, met zo min mogelijk mutaties.
+a) Schrijf een algoritme dat het genoom van D. Melanogaster in het genoom van D. Miranda verandert, met zo min mogelijk mutatiestappen.
-b) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel a) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal benodigde mutaties om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.
+b) Maak een test-set met 100 random-volgorde genomen van lengte 25. Sorteer ze met je algoritme uit onderdeel a) en probeer zicht te krijgen op het minimaal en maximaal aantal benodigde mutatiestappen om een genoom gesorteerd te krijgen. Probeer een boven- en ondergrens vast te stellen als je kunt.
@@ Line 26: / Line 26: @@
-e) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' stappen nodig hebben om gesorteerd te worden met a), en wat voor genomen ''weinig'' stappen.
+e) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' mutatiestappen nodig hebben om gesorteerd te worden met a), en wat voor genomen ''weinig'' stappen.
 ==Advanced==

← Older revision		Revision as of 20:46, 19 October 2015
Line 32:		Line 32:


−	f) Probeer te formaliseren wat voor genomen veel verplaatsingen nodig hebben met c) en wat voor weinig.	+	f) Probeer te formaliseren wat voor genomen ''veel'' verplaatsingen nodig hebben met c) en wat voor ''weinig''.

@@ Line 8: / Line 8: @@
 ==Opdracht==
 [[Image:tweegenomen.gif|thumb|border|right|middle|upright=2||| Fig.1: Genomen van D.Melanogaster (boven) en D.Miranda (onder). Beide genomen bestaan uit dezelfe genen, alleen de volgorde verschilt.]]
@@ Line 29: / Line 30: @@
 ==Advanced==
 f) Probeer te formaliseren wat voor genomen veel verplaatsingen nodig hebben met c) en wat voor weinig.
@@ Line 37: / Line 39: @@
 ==Familiestamboom==
 Er is een philogenie (familiestamboom) van de familie fruitvlieg uitgetekend, zie de figuur.